海伦站建于1978年2月，定名为中国科学院黑龙江农业现代化研究所海伦工作站。“八五”期间，海伦站成为院中国生态系统研究网络基本站之一，1990年更名为中国科学院海伦农业生态实验站，隶属于原黑龙江农业现代化研究所，是目前国内唯一从事黑土农业生态系统长期定位监测与研究的野外台站。